Definicja: Jedna jednostka absorbancji jest definiowana jako ilość kwasu nukleinowego, która da odczyt jednego z nich, gdy mierzy się objętość jednego ml w kwarcowej kuwecie kwarcowej o długości jednego cm przy długości fali 260 nm; w rzeczywistości wywodzi się z równania Beer-Lambda.
A = ebc
*
A to absorbancja (brak jednostek, ponieważ A = log10 P0 / P)
*
e oznacza chłonność molową z jednostkami L mol-1 cm-1
*
b to długość ścieżki próbki - to znaczy długość ścieżki kuwety, w której znajduje się próbka. Wyrażamy ten pomiar w centymetrach.
Biowave II
Indywidualne współczynniki ekstynkcji dla każdej z czterech baz DNA to:
*
A = Maksimum absorbancji przy 259 nm, współczynnik ekstynkcji = 15,4x103 M-1 x cm-1 (pH 7,0).
*
C = Maksimum absorbancji przy 271 nm, współczynnik ekstynkcji = 9,0x103 M-1 x cm-1 (pH 7,0).
*
G = Maksimum absorbancji przy 253 nm, współczynnik ekstynkcji = 13,7x103 M-1 x cm-1 (pH 7,0).
*
T = Maksimum absorbancji przy 267 nm, współczynnik ekstynkcji = 9,6x103 M-1 x cm-1 (pH 7,0).
Na podstawie tych wartości możemy zaobserwować, skąd czerpimy wartość 10, która jest średnim współczynnikiem ekstynkcji 4 nukleotydów.
Praktyczna formuła: Bardzo prosta i przydatna formuła do uzyskania molarności jest następująca:
Liczba nanmoli oligo = 1 / Ix10
Gdzie
I = długość oligo
10 = średni współczynnik ekstynkcji wszystkich 4 nukleotydów
Przykład: Ile mikromoli znajduje się w 1 OD 20-merowego oligo?
# f moli = 1/20 x 10 = 0,005 = 5nanomoli
Przydatne przybliżenia danych DNA:
* 1 A260 długiego SSDNA = 37 ug
* 1 A260 DNA oligonukleotydu = 33 mg
* 1 A260 oligo ssRNA = 33';gs
* 1 A260 dsDNA = 50 μg
* 1 A260 dsRNA = 40 ug
Uwaga: efekt gaszenia po utworzeniu dupleksu, absorbancja nie jest dokładnym dodawaniem poszczególnych nici, a raczej około 1,5 razy (nie dwukrotnie, jak można się spodziewać).
Bio-Synthesis.Inc,produkuje syntetyczne oligonukleotydy od ponad 25 lat; nie tylko DNA, ale także RNA, inne zmodyfikowane oligonukleotydy i zapewnia sieciowanie różnych typów biomolekuł za pomocą naszych zoptymalizowanych strategii biokoniugacji, które mają wiele zastosowań w hamowaniu ekspresji genów i powiązanych badaniach antysensownych. Również syntetyczne peptydy i przeciwciała peptydowe dla wielu biologicznie odpowiednich zastosowań w dziedzinach proteomiki, epigenetyki, regulacji immunologicznej, modyfikacji posttranslacyjnych, antysensownych, kontroli ekspresji genów, interferencji RNA i innych. Więcej informacji o produkcie można znaleźć na stronie: http://www.biosyn.com.